研究表明：肠道菌群能帮助消化食物和吸收营养，在动物实验中，无菌小鼠需要多摄取30%的碳水 化合物，才能和正常有菌小鼠的体重相当。对人类来说，植物中的 纤维素和半纤维素类多糖是无法被消化的，而肠道菌群中的拟杆菌等细菌则具有一系列多糖消化的酶，来分解这些多糖，从而为 人类提供能量。
除此之外，肠道菌群通过发酵还能产生短链脂肪 酸和维生素K供人体吸收，同时一些金属离子，如钙、镁、铁等，也可通过肠道菌群被重新吸收。
肠道菌群还可以帮助调节机体免疫系统，阻止病原菌入侵。简单来说，当前文所提的共生菌占多数时，留给有害菌的生长空间就小，同时共生菌可以刺激机体分泌更多的免疫球蛋白来杀死有害菌；当肠道菌群多样性降低时，会导致免疫系统失调、免疫能力下降。肠道菌群的种类多样性不仅仅影响宿主的免疫力，还可以掌控宿主体态的胖瘦。
正常状态下，肠道菌群可以通过影响肠道上皮细胞来调控人体对能量的吸收。在菌群失衡时，肠道菌群中就有可能出现“肥胖细菌”，这些细菌会使肠道吸收更多的能量。有研究人员把肥胖者的肠道微生物移植到小鼠肠道内，结果发现小鼠竟然会迅速增肥。而正常情况下，瘦人肠道菌群的多样性要高于胖人。
肠道菌群和人体的代谢疾病具有重要关系。肠道菌群失衡可能是造成肥胖、糖尿病等多种代谢异常的重要原因之一。而造成代谢异常的主要原因，是失衡的肠道菌群产生的脂多糖等内毒素进入人体，被免疫细胞识别后产生多种炎症因子，使得机体进入低度炎症状态，从而产生代谢异常。
例如，若长期进食高脂、高糖食物，可造成肠道菌群中条件致病菌比例增加，而共生菌比例下降，从而增加肠道炎症性病变的风险。而菌群的失调，从而使得食物中摄取的能量更容易转化为脂肪累积于皮下，造成肥胖。此外，低度炎症还能促使机体 对胰岛素相应程度下降，造成胰岛素抵抗，进而发展为糖尿病。
最后，肠道菌群与健康还有其他更多元的关系。比如，肠道菌 群产生的类胡萝卜素类物质可以在一定程度上降低动脉粥样硬化和中风的风险。正常肠道菌群可以通过对淋巴细胞的影响，调节机体对过敏原的反应，从而影响过敏疾病的产生。
更令人惊奇 的是，还有证据显示，肠道菌群的结构变化甚至可以影响机体的行为模式，当然，具体的机制还有待进一步研究。
正是因为肠道菌群的重要作用，为了保证肠道日常正常运作，除了在日常生活中合理饮食，正常作息外，还有补充足够的益生元，增殖肠道有益菌，让肠道保持健康。
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